Die Verbindungen reagierten darauf unterschiedlich. Einige Dachverbände sahen ihre Aufgabe mit der Machtübernahme der Nationalsozialisten als erfüllt an und lösten sich auf, sei es freiwillig oder wegen des Drucks der Regierung. Andere versuchten, zu „überwintern“ und passten sich äußerlich an. Sie wollten sich nicht auflösen, sondern ihre Werte und Traditionen für spätere Generationen bewahren. Sie hofften, dass Hitlers Herrschaft nur kurzlebig sei und gingen daher viele Kompromisse ein. Einige wenige verteidigten ihre Binnenstrukturen offensiv.
Die Konflikte wurden auch auf der Straße ausgetragen. Es kam immer häufiger zu Rempeleien und Prügeleien zwischen Verbindungsstudenten und nationalsozialistischen Kameradschaftsangehörigen. Besonders heftig waren die so genannten Göttinger Krawalle, bei denen im Juli 1934 an zwei Tagen regelrechte Straßenschlachten zwischen Anhängern der Nationalsozialisten und Verbindungsstudenten stattfanden. Am Ende ging die Polizei mit gezogenen Säbeln und Gummiknüppeln, aber auch die Feuerwehr mit Wasserwerfern gegen die Verbindungsstudenten vor, von denen einige verhaftet wurden. Den Höhepunkt bildeten die Ereignisse um das Heidelberger Spargelessen, bei dem im Mai 1935 einige Corpsstudenten öffentlich ihr Mißfallen über Adolf Hitler zum Ausdruck brachten.
Die Nationalsozialisten nutzten diese Vorfälle mit Hilfe der gleichgeschalteten Presse sofort aus, um publizistisch Druck für die Gleichschaltung auch der Studentenverbindungen zu machen. Zwischen 1934 und 1936 hatten sich die Studentenverbindungen entweder selbst aufgelöst oder waren zwangsaufgelöst worden. Die Altherrenverbände existierten noch bis etwa 1938.Da die Nationalsozialisten die Alten Herren zur Finanzierung der Kameradschaften brauchten, tarnten sich viele Verbindungen als Kameradschaften, um so trotz strengen Verbots möglichst viele alte Werte und Sitten heimlich weiter zu vermitteln. Danach waren praktisch alle Studenten Mitglieder in den nun zahlreich gegründeten Kameradschaften. Diese übernahmen nun auch die Häuser der Studentenverbindungen. Im Krieg ließ seit etwa 1941 die Überwachung der Universitäten nach. Dort studierten fast nur noch verwundete Kriegsheimkehrer. So konnten sich lokal einige Verbindungen heimlich neugründen, Veranstaltungen in Couleur abhalten und sogar Mensuren fechten. 1944 planten Kösener Corpsstudenten aus Leipzig, Würzburg, Tübingen und Bonn sogar, ihren Dachverband wieder zu gründen und feierten in Couleur eine Kneipe auf der Rudelsburg, dem traditionellen Treffpunkt des Verbandes. Doch der dazu nötige Schriftverkehr fiel auf. Die Gestapo strengte ein Ermittlungsverfahren wegen „Gründung neuer Parteien und Hochverrat“ an. Die Ermittlungsakten wurden jedoch bei einem alliierten Bombenangriff in Berlin im Frühjahr 1945 vernichtet.

Eine Reihe von Verbindungsstudenten machten Karriere in Hitlers Partei und Staat. Andere beteiligten sich an Widerstandsversuchen. Sie gehörten zum inneren Führungskreis der Attentäter des 20. Juli 1944, zum Kreisauer Kreis, zur Bekennenden Kirche oder starben als Einzelkämpfer in Gestapohaft. Obwohl genaue Zahlen schwer zu ermitteln sind, ist davon auszugehen, daß einige zehntausend Verbindungsstudenten im Krieg fielen oder an Kriegsfolgen starben.